Michael Kube studierte Musikwissenschaft, Kunstgeschichte und Volkskunde in Kiel. 1996 promovierte er mit einer Arbeit über Hindemiths frühe Streichquartette. 1988 bis 1998 war er Organist und Kantor im Nebenamt. Er ist langjähriger freier Mitarbeiter der "Kieler Nachrichten", verschiedener Rundfunkanstalten, Konzertreihen, Festivals und Label. Seit 1998 schreibt er für FONO FORUM, seit 2005 gehört er der Jury des Preises der deutschen Schallplattenkritik an. Seit 1998 ist er wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Neuen Schubert-Ausgabe (Tübingen), seit Herbst 2002 Mitglied der Editionsleitung. Seit 2002 ist er zudem Editionsleiter der "Denkmäler norddeutscher Musik" und Generalherausgeber von "Katzbichlers Kammermusik-Bibliothek", seit 2006 Mitglied der Editionsleitung der Joseph Martin Kraus-Ausgabe. Verschiedene Lehraufträge an den Universitäten in Karlsruhe und Tübingen sowie an der Musikhochschule Mannheim. Seine Veröffentlichungs- und Forschungsschwerpunkte sind die Musik für Tasteninstrumente um 1700, Kammermusik des 19. Jahrhunderts, Musikgeschichte des frühen 20. Jahrhunderts und Skandinavische Musikgeschichte.